La plupart des lignes du métro de Tokyo sont interconnectées avec les réseaux de trains de banlieue : ainsi, outre la compagnie propriétaire, plusieurs compagnies ferroviaires utilisent la même ligne de métro. Sur ces lignes, le matériel utilisé et les destinations sont très variés. Par exemple, la compagnie ferroviaire Keikyū relie les aéroports de Narita et de Haneda via la ligne de métro Asakusa gérée par la compagnie Toei.
Au Japon, le réseau de bus est très développé, comme pour le reste des transports. Cependant le bus se révèle être le plus économique et le plus utiliser par les habitants de la ville.
Le Shinkansen est le système de train à grande vitesse en service au Japon. Ce nom désigne aussi bien les trains que l'infrastructure. L'utilisation d'un ensemble de lignes réservées et les techniques employées ont fait du Shinkansen un précurseur et du Japon le pionnier de la grande vitesse ferroviaire lors de sa mise en service en 1964. Les rames du Shinkansen sont aujourd'hui mondialement reconnues pour leur confort, leur fiabilité et leur sécurité, ainsi que pour leur gestion des plus rigoureuses.
Les principaux aéroports internationaux du Japon sont l'aéroport international de Narita, de Haneda et l'aéroport international du Kansai situé près d'Osaka. Avec quelque 90 aéroports desservant les vols domestiques et internationaux, le Japon est extrêmement pratique pour les voyageurs aériens.
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